Kolegiálny kostol sv. Františka Xaverského slávnostne konsekroval 24. septembra 1715 biskup Lukáš Natale zo Stoličného Belehradu, auxiliár ostrihomského arcibiskupa. Kostol bol jednoloďovou barokovou stavbou so 6 postrannými kaplnkami a chórmi po celom obvode. Loď bola zaklenutá štyrmi poľami barokovej valenej klenby s lunetami. Priečelie chrámu bolo bez veže a tvoril ho plochý štít s barokovým portálom v strede. Fasády chrámu mali iluzívnu bielo-sivo-čiernu maľovanú výzdobu, predstavujúcu piliastre s korunnou rímsou. Spolu s kostolom bola vybudovaná krypta, do ktorej Jezuiti pochovávali predstavených kolégia a po založení diecézy tu boli pochovaní niektorí významnejší kanonici. Jezuiti požehnane účinkovali v kostole a kolégiu do roku 1773, kedy bola Spoločnosť Ježišova zrušená. V roku 1776 sa kostol sv. Františka Xaverského stal katedrálnym chrámom novozriadenej Banskobystrickej diecézy.
